R in your environment
Η R είναι μια γλώσσα προγραμματισμού ανοικτού κώδικα και περιβάλλον που παρέχει στον χρήστη τη δυνατότητα να κάνει υπολογιστική στατιστική και γραφήματα. Η τρέχουσα έκδοση που υποστηρίζεται είναι 3.1.3
Αφού κάνετε τη σύνδεση στον Αρίσταρχο/Πυθαγόρα μπορείτε να ανεβάσετε τα αρχεία με τον κώδικα σας, τα δεδομένα , και να φτιάξετε τους αντίστοιχους φακέλους (εάν χρειάζεται). Για να τρέξετε τα R script σας, με τον SGE scheduler, θα χρειαστεί να φτιάξετε τα αντίστοιχα qsub αρχεία. Για παράδειγμα εάν θέλετε να "τρέξετε" το αρχείο fordoSnow.R
Ο χρήστης συντάσσει ένα qsub script σαν το παρακάτω:
#The .qsub created by Georgios Petroudis under Panagiotis' Nastou supervision #!/bin/bash #$ -S /bin/bash #$ -pe orte 5 #$ -o fds.out #$ -j y #$ -cwd mpirun -n 1 Rscript fordoSnow.R
Έχοντας ετοιμάσει το script (έστω ότι ονομάστηκε fordoSnow.qsub), δίνει την εντολή:
qsub fordoSnow.qsub
Εφόσον το αρχείο υποβλήθηκε επιτυχώς, ο χρήστης μπορεί να παρακολουθεί την διαδικασία εκτέλεσης με την qstat. Υπόψιν ότι αν η qstat δεν εμφανίζει κάτι στην οθόνη τότε είτε το πρόγραμμα εκτελέστηκε επιτυχώς ή υπήρξε πρόβλημα κατά την υποβολή του στον scheduler.